在南方农村自建房最佳开工时间通常是在5-6月份和9-11月份。
以下是选择这两个时间段的原因：
1. 气候适宜：5-6月份正值梅雨季节过后，天气转暖而又不过于炎热，有利于建筑材料特别是混凝土的凝固和保养。9-11月份则是秋季，天气凉爽，湿度适中，同样有利于建房工程的进行和建材的养护。
2. 施工质量：由于温度和湿度条件较好，这两个时段进行建房能更好地保证施工质量。在适宜的气候条件下施工，房屋建成后的质量稳定性和耐久性也会更好。
3. 经济因素：避开了夏季施工旺季，可能会更容易找到施工队伍，且施工成本相对较低。同时，建筑材料的价格在这些时段可能会更为稳定或较低。
4. 避免自然灾害：春季雨水较多，尤其是在南方地区，容易发生土方垮塌等现象，不利于基础施工。因此，选择在梅雨季节后开工可以有效避免这类问题。
5. 规划与准备：在农忙季节之前完成地基等初期工程，可以为之后的建房工作留出充足的时间进行规划和准备。
综上所述，考虑到气候、施工质量、经济以及安全等多方面的因素，南方农村自建房最佳的开工时间为5-6月份和9-11月份。当然，具体开工时间还需结合实际天气情况、个人计划以及施工队伍的安排等因素综合考虑。